中国古代殷墟甲骨文（距今3000多年前）已有“虫”、“蛊”、“疟疾”及灭虫的记载。至迟至2300余年,中国的《史记》已用“疫”、“大疫”表示疾病的流行。这些也许可以认为是人类对流行病认识的“萌芽”。

　　此后，疾病流行频繁，特别是在饥荒、战争之后。从《史记》（公元前369年）起到明朝末年（1647年），仅正史就记载了95次疾病大流行，238年有流行或大流行。西方也有多次影响重大的大流行，如公元前4世纪的瘟疫、查士丁尼鼠疫、14世纪的黑死病等。

　　长期受到疾病流行困扰的人们开始有意识地积累对疾病流行的认识。人们开始推测是什么病原引起流行性疾病。中国古代认为“虫”（如认为肺结核是“痨虫”引起，疥是疥虫引起的）、“戾气”、“疠气”、“风”等等。直到19世纪中叶，活的传染物的学说才在西方得到广泛承认。

　　当人们认识到传染病可以传播后，就开始采取措施，先是对麻风病人隔离。《晋书》记载“朝臣家有时疫，染易三人以上者，身虽无疾，百日不得入宫。”15世纪，意大利威尼斯规定外来船舶需在海港停留40天，进行检疫。

　　在宋真宗时（公元998～1022年）已用种痘术预防天花，至迟16世纪下半叶已有种人痘的确实记载，18世纪20年代种人痘术已传至土耳其、欧洲。18世纪末英国医生Jenner发明接种牛痘预防天花。

　　自从1854年，约翰·斯诺（John Snow）对伦敦霍乱流行进行开创性的流行病学工作以来，在一个多世纪中，随着科学的进步和流行病学家不懈的努力，传染病流行病学已经取得巨大的进展。具有历史意义的伟大成就是长期以来严重危害人类健康的天花于1977年已经在全球消灭。一些常见传染病的发病率和死亡率在世界各国也都有不同程度的下降。

　　相对于普通疾病，流行病有以下几个特点：首先，它们从一个受感染的人迅速传到周围健康的人，结果使得许多人在很短时间内被感染。其次，它们都是急性病，在很短时间内，患者要么不治而亡，要么康复。再次，有些幸运的逃过一劫的人会对这种病产生“抗体”，这意味着他以后再也不会得同样的病了。最后，虽然这些病严重危害人类，其病菌或病毒往往也只在人群中传播。

　　俗话说，“冤有头，债有主”，既然许多流行病都是人类定居的产物，那么它们是从哪里来的呢？对此，分子生物学家给出了答案。